Dù là tướng phục vụ nhà Mạc, vương triều đối nghịch với nhà Lê thắng trận sau này và bị coi là nguỵ triều, Phạm Tử Nghi vẫn được các triều đại Lê, Nguyễn sắc phong[11].

Sắc phong đời Cảnh Trị (Lê Huyền Tông) năm 1670 ghi:

Có công giữ nước giúp dân, có ơn đức rất mực, đã cất quân dấy nghiệp, chức Nam Dương Đông nguyên soái, tóm thâu, làm Tiết chế cả mọi dinh thuỷ bộ của hai nước ở khắp nơi, phò mã đô uý, tước Thành quốc công, phong là Nam Hải linh ứng đại vương.

Trong đền thờ Phạm Tử Nghi có câu đối đề:

Tướng Mạc, thần Lê, danh bất hủCừu Minh, hận Hán, tiết di cao

Dịch nghĩa:

Tướng Mạc, thần Lê, tên còn mãiThù Minh ghét Hán khí tiết cao

Phạm Tử Nghi được nhân dân thờ phụng tại Đền Kiến Ốc, xã Khánh Trung; Đền Hải Đức trên bờ đê sông Đáy thuộc xã Khánh Thiện, huyện Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình, lăng-miếu Đôn Nghĩa tại phường Vĩnh Niệm, quận Lê Chân, thành phố Hải Phòng; miếu Phạm Tử Nghi tại Cống Lưu Khê, xã Liên Hòa, thị xã Quảng Yên, tỉnh Quảng Ninh.